Victtorio Amadeo trở thành Công tước xứ Savoia sau cái chết của cha vào ngày 26 tháng 7 năm 1630. Khi chồng của Christine qua đời vào năm 1637, bà Thái Công tước được phong làm nhiếp chính thay mặt con trai là Francesco Giacinto I. Sau khi Francesco Giacinto I qua đời vào năm 1638, Christine tiếp tục nắm quyền nhiếp chính thay mặt con trai Carlo Emanuele II.

Cả Công tử Maurizio và em trai là Công tử Tomasso Francesco của Savoia đều tranh chấp quyền lực với chị dâu và đoàn thị tùng người Pháp của Thái Công tước phu nhân. Khi người thừa kế đầu tiên Francesco Giacinto I qua đời vào năm 1638, cả hai anh em bắt đầu Nội chiến Piemonte với sự hỗ trợ của Tây Ban Nha. Hai phe đối địch được gọi là "principisti " (những người ủng hộ các Công tử) và "madamisti " (những người ủng hộ Madama Reale).

Sau bốn năm tranh giành quyền lực, Christine Marie giành thắng lợi nhờ sự hỗ trợ của quân đội Pháp. Christine không chỉ bảo toàn được Công quốc Savoia cho con trai mà còn ngăn cản việc Pháp có được quá nhiều quyền lực trong Công quốc. Khi hòa bình được thiết lập vào năm 1642, Maurizio kết hôn với con gái mười bốn tuổi Luisa Cristina của Christine Marie, từ bỏ tước vị hồng y và xin Giáo hoàng Phaolô V miễn trừ. Maurizio trở thành thống đốc xứ Nice. Christine vẫn nắm quyền kiểm soát vững chắc Công quốc Savoia cho đến khi con trai bà có thể cai trị nối bước mình. Quyền nhiếp chính của Christine Maria kết thúc vào năm 1648, nhưng Christine vẫn chịu trách nhiệm theo dõi theo lời mời của con trai cho đến khi qua đời. [2]

Christine Marie sống một cuộc sống riêng tư thoải mái và có quan hệ với Đại sứ Pháp, Marini, em chồng Maurizio, và Bá tước Filippo d'Aglié, một người đàn ông đẹp trai, học thức và gan dạ và luôn trung thành với Christine suốt cuộc đời.